وزارت بهداشت در دوره دولت نهم در بخش تحقیقات و فناوری شاخص های تحقیقات در این حوزه را افزایش داد.
شاخصهایی که از سوی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در بخش تحقیقات و فناوری اعلام شده نشان می دهد در این حوزه تعداد تعداد مراکز تحقیقات پزشکی از ۱۱۵ مرکز به ۲۲۰ مرکز تحقیقاتی در دانشگاهها افزایش یافته است.
همچنین بر اساس این شاخصها، تعداد طرحهای تحقیقاتی از ۵ هزار و ۵۶۴ طرح به ۶ هزار و ۸۱۶ طرح و تعداد پژوهشگران دانشگاههای علوم پزشکی نیز از ۹ هزارو ۲۰۹ نفر به ۱۱ هزار نفر افزایش یافت.
افزایش تعداد شبکه های تحقیقات پزشکی از ۸ مرکز به ۱۱ مرکز، تعداد کتابخانه های الکترونیک دانشگاههای علوم پزشکی از ۲۳ کتابخانه به ۴۲ کتابخانه از دیگر بخش های رشد یافته در این حوزه است.
تولید داروهای جدید در این دوره و رونمایی از آنها نسبت به دوره های گذشته به طور قابل توجهی افزایش یافت و در همین زمینه تعداد داروهای بیوتکنولوژی از ۲ قلم به ۹ قلم افزایش یافت و مقدمات پارک تحقیقاتی علوم دارویی در کشور ایجاد شد و تعداد ثبت اختراع در حوزه علوم پزشکی از ۴ مورد به ۲۰۹ مورد افزایش یافت.
اما در عین حال هنوز کمبود بودجه برای تحقیقات و منطبق نبودن تحقیقات علوم پزشکی با نیازهای روز جامعه این حوزه را می آزارد. از سوی دیگر اکتفا کردن به تعداد مقالات نیز نمی تواند به تنهایی گره گشای حوزه تحقیقات در علوم پزشکی باشد و این موضوع باید به طور جدی مورد بررسی قرار گیرد.